Muziejaus edukacinės programos skirtos ikimokyklinio amžiaus vaikams, moksleiviams, šeimoms, suaugusiesiems ir senjorams. Užsiėmimų metu dalyviai susipažįsta su laiko matavimo istorija, astronomijos pagrindais, kalendorių atsiradimu, laikrodžių dizaino raida bei jų vieta skirtingų epochų kultūroje. Edukacijose taikomi interaktyvūs metodai, kūrybinės užduotys, žaidimai ir praktinės veiklos, skatinančios smalsumą, kritinį mąstymą ir pažinimo džiaugsmą.
Laikrodžių muziejus aktyviai prisideda prie formaliojo ugdymo. Edukacinės programos ir integruotos pamokos padeda mokiniams mokytis muziejuje, susiejant istorijos, dailės, technologijų, matematikos, fizikos ir kitų mokslų temas. Tokia tarpdisciplininė veikla leidžia teorines žinias patirti praktiškai, ugdo kūrybiškumą, kritinį mąstymą ir skatina mokymosi motyvaciją.
Muziejus taip pat organizuoja edukacinius renginius šeimoms, kūrybines dirbtuves, teminius užsiėmimus ir sezonines veiklas.
