Pirmaisiais LM ISC LIMIS veiklos metais daugiausiai dėmesio buvo skiriama tam, kad būtų sukurta ir Lietuvos muziejuose įdiegta, naudojama, plėtojama Lietuvos muziejų rinkinių duomenų bazes susiejanti, vienodais standartais vadovaujantis tvarkoma Lietuvos integrali muziejų informacinė sistema (LIMIS). Naudojantis ja, planuojama sukurti Lietuvos muziejuose saugomų eksponatų skaitmeninį katalogą, skirtą muziejų darbuotojams, dirbantiems su eksponatais (rinkinių saugotojams, tyrinėtojams, restauratoriams, parodų kuratoriams, leidinių rengėjams ir kt.), bei nustatyta tvarka prieinamą registruotiems vartotojams – valstybės įstaigoms ir institucijoms, mokslo įstaigoms bei jų darbuotojams. Viešiesiems vartotojams skirta LIMIS duomenų bazėje ir atskirų muziejų elektroniniuose kataloguose sukaupta informacija bus pateikiama LIMIS duomenų bazės interneto portale www.limis.lt ir atskirų muziejų eksponatų elektroninių katalogų viešosiose prieigose – svetainėse.
Centras įkurtas LDM direktoriaus 2009 m. birželio 30 d. įsakymu Nr. V.1-90, trijų iki to laiko LDM veikusių struktūrinių padalinių (LDM Skaitmeninių leidinių centro, LDM Skaitmeninimo centro, LDM LIMIS plėtros skyriaus) bazėje. LM ISC LIMIS toliau plėtoja šių buvusių muziejaus struktūrinių padalinių veiklą ir vykdo naujas Lietuvos muziejų skaitmeninimo centro funkcijas, kurios apibrėžtos Lietuvos kultūros paveldo skaitmeninimo, skaitmeninio turinio saugojimo ir prieigos strategijoje, patvirtintoje Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2009 m. gegužės 20 d. nutarimu Nr. 493.
Centro veikla grindžiama Lietuvos Respublikoje ir Europos Sąjungoje galiojančiais teisės aktais, tarptautinėmis konvencijomis ir sutartimis, Tarptautinės muziejų tarybos (ICOM) rekomendacijomis, LNDM statutu, LM ISC LIMIS nuostatais ir kitais teisės aktais, susijusiais su jo veikla.
Vienas iš svarbiausių LNDM filialo LM ISC LIMIS darbo principų – kolegialumas. Įgyvendinant centro pagrindinius tikslus ir uždavinius, siekiama bendradarbiauti su visais Lietuvos muziejais ir kitomis Lietuvos ir užsienio šalių atminties institucijomis.
LM ISC LIMIS užsibrėžtų tikslų siekti padeda muziejai-regioniniai koordinatoriai (Nacionalinis M. K. Čiurlionio dailės muziejus, Lietuvos jūrų muziejus ir Šiaulių „Aušros“ muziejus), kuriuose 2010 m. pradžioje įkurti trys regioniniai muziejų skaitmeninimo centrai. Šių centrų paskirtis – koordinuoti ir organizuoti muziejinių vertybių skaitmeninimą, skaitmeninio turinio kūrimą, saugojimą, sklaidą centrui priskirto regiono muziejuose.
Centras sudaro darbo grupes iš muziejų ir kitų institucijų kompetentingų specialistų, reikalui esant, pasitelkia išorės ekspertus ir konsultantus.
Šiuo metu LM ISC LIMIS centrą sudaro šie skyriai: Administracija, Skaitmeninimo skyrius, Metodinis skyrius.
